ในรัชกาลที่ ๕
 

ในรัชกาลนี้ สมัยเมื่อพระปัญญาคัมภีร์เถรเป็นเจ้าอาวาส ท่านพร้อมด้วยพระปลัดยอด พระสมุห์สาย แลเจ้าอธิการแสง เจ้าอาวาสวัดน้อยทองอยู่ ได้ช่วยกันสร้างกุฏิใหม่ขึ้นอีก ๒ คณะ ตั้งอยู่ริมน้ำ และได้ปฏิสังขรณ์พระอุโบสถพร้อมทั้งพระระเบียง ได้สร้างศาลาคู่ที่ประตูด้านหน้าพระอุโบสถ และพระสมุห์บุญได้สร้างโรงเรียนหนังสือไทยขึ้น ๑ หลัง

ครั้นต่อมาเมื่อพระปลัดยอดได้เลื่อนสมณศักดิ์เป็นพระครูสังวราธิคุณและเป็นผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาส ก็ได้ทำการปฏิสังขรณ์อีกหลายแห่ง เช่นปูพื้นกระเบื้องในบริเวณพระอุโบสถ ทำถนนด้านหน้าและด้านเหนือพระอุโบสถ สร้างศาลาท่าน้ำ ซ่อมศาลาใหญ่ ในสมัยที่กล่าวมาข้างต้นนี้ มีเอกสารที่กล่าวถึงผู้ปฏิสังขรณ์และรายการปฏิสังขรณ์พระอารามนี้ไว้