ครั้นถึงเดือนมิถุนายน ปีฉลู พ.ศ.๒๔๕๖ พระมหาพรหม เปรียญ ๕ ประโยค สำนักวัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฏิ์ ได้ย้ายมาเป็นเจ้าอาวาสปกครองพระอารามนี้ ต่อมาได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะ ที่พระญาณสมโพธิ เมื่อวันที่ ๑๐ พฤศจิกายน ในปีนั้น ในขณะที่ท่านย้ายมาอยู่ใหม่ๆ ก็ได้ดำเนินการก่อสร้างและปฏิสังขรณ์ทันนที ปรากฏว่าได้ประสบอุปสรรคในการกระทำอยู่บ้าง สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส จึงเสด็จมาตรวจสภาพของพระอารามนี้และวัดภุมรินราชปักษีกับวัดน้อยทองอยู่ ซึ่งตั้งอยู่ติดต่อกันกับพระอารามนี้เสร็จแล้วทรงรับสั่งให้รวมวัดภุมรินราชปักษี ซึ่งมีพระภิกษุอาศัยอยู่เพียงรูปเดียวเข้ากับวัดดุสิดารามต่อมา ทรัพย์สินของวัดภุมรินราชปักษีทั้งหมดจึงตกเป็นสมบัติของพระอารามนี้ โดยพระบัญชาของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า ตั้งแต่ครั้งนั้นมา

ในสมัยที่พระญาณสมโพธิเป็นเจ้าอาวาสอยู่ ได้สร้างและปฏิสังขรณ์ถาวรวัตถุหลายอย่าง ที่ควรนำมากล่าวไว้ในที่นี้ คือ รื้อกุฏิด้านหน้า ด้านเหนือ ด้านใต้ ของพระอุโบสถ รื้อศาลาเก๋งด้านหน้าพระอุโบสถ เพราะทรุดโทรมจนซ่อมแซมไม่ได้ และรื้อ กุฏิ ศาลา กำแพง ของวัดภุมรินราชปักษี นำสิ่งสัมภาระเหล่านั้นมาปรับปรุง สร้างหอสวดมนต์ ๑ หลัง หอฉัน ๑ หลัง หอระฆัง ๑ หอ กุฏิ ๒ หลัง ศาลาการเปรียญ ๑ หลัง ศาลาท่าน้ำ ๑ หลัง เสริมถนนเก่าให้สูงขึ้นกว่าเดิมทุกสาย และในระยะนี้ สมเด็จพระมาตุจฉาเจ้าสว่างวัฒนา พระบรมราชเทวี ได้โปรดให้พระยาบรมนรินทรามาตย์รื้อบ้านไม้มาถวาย ๑ หลัง ท่านก็ได้จัดการสร้างเป็นกุฏิใหญ่ ๓ ห้อง ๑ หลัง พระญาณสมโพธิได้ขอพระบรมราชานุญาตลาสิกขาบท ในปี พ.ศ.๒๔๖๔ รวมเวลาที่พระญาณสมโพธิเป็นเจ้าอาวาสอยู่ประมาณ ๙ ปี

ต่อจากนั้น พระวิเชียรมุนี (ปุญญสุวรณโณ บุญ) เปรียญ ๔ ประโยค เจ้าอาวาสวัดวิเศษการ (วัดหมื่นรักษ์) อำเภอบางกอกน้อย จังหวัดธนบุรี ได้ย้ายมาเป็นเจ้าอาวาสพระอารามนี้ ตั้งแต่ครั้งยังเป็นเปรียญ เมื่อเดือนมิถุนายน พ.ศ.๒๔๖๔ การปกครองในระยะแรกมั่งไปในการจัดตั้งสำนักศึกษาพระปริยัติธรรม เพราะในพระอารามนี้ยังไม่เคยมีสำนักศาสนาศึกษามาก่อนเลย ครั้งแรกท่านได้เป็นครูสอนทั้งธรรมและบาลี มีพระมหาเสงี่ยมซึ่งติดตามมาเป็นผู้ช่วย ๑ รูป จนกระทั่งถึง พ.ศ.๒๔๖๖ มีพระภิกษุและสามเณรสอบเปรียญได้อีก ๓ รูป จึงได้ขยายการศึกษาในสำนักนี้ให้เจริญขึ้นโดยลำดับ มีนักเรียนเรียนบาลีและนักธรรมที่ส่งเข้าสอบในสนามหลวงได้ปีละหลายรูป แต่มิได้ขออนุญาตต่อทางการคณะสงฆ์จัดตั้งเป็นสำนักเรียนเอง จัดเพียงเป็นสำนักเรียนสาขาของวัดมหาธาตุ เมื่อการศึกษาเจริญมั่นคงแล้ว ในระยะหลังได้เริ่มทำการปฏิสังขรณ์และก่อสร้างคู่กันไปกับการศึกษา ถาวรวัตถุที่พระวิเชียรมุนีได้ก่อสร้างและปฏิสังขรณ์ที่ควรนำมากล่าวไว้ในที่นี้ คือ ซ่อมแซมเสนาสนะที่ชำรุดทั่วไป สร้างกุฏิด้วยทุนส่วนตัว ๑ หลัง ด้วยทุนของท่านผู้มีจิตศรัทธารวมกับทุนส่วนตัว ๑ หลัง ด้วยทุนของวัด

และทุนของผู้บริจาค ๔ หลัง ด้วยทุนของท่านผู้มีศรัทธา ๒ หลัง และได้รื้อหอไตรของวัดภุมรินราชปักษีมาปลูกไว้ในพระอารามนี้ ข้างด้านเหนือพระอุโบสถ ๑ หลัง เปลี่ยนแปลงศาลาท่าน้ำที่พระญาณสมโพธิสร้างไว้เป็นเสาไม้พื้นไม้ ทำเป็นเสาและพื้นคอนกรีตเสริมเหล็กซ่อมแซมหอระฆัง ซุ้มประตูหน้าต่างพระอุโบสถ ปิดทองพระประธานใหม่ ซ่อมห้องแถวของวัดด้วยเงินผลประโยชน์ของวัดบ้าง เงินได้จากการบำเพ็ญกุศลบ้าง จากการบริจาคของท่านผู้มีศรัทธาบ้าง นอกจากนี้ ได้จัดการปฏิสังขรณ์พระพุทธรูปยืนที่พระระเบียง ๑๘ องค์ ด้วยทุนของท่านผู้มีศรัทธาบริจาคให้ พระวิเชียรมุนีได้ลาสิกขาบทเมื่อเดือนพฤษภาคม พ.ศ.๒๔๗๖

เมื่อสิ้นสมัยการปกครองของพระวิเชียรมุนีแล้ว พระประสิทธิวีริยคุณ (ธญญาโภสุง) เปรียญ  ๖ ประโยค (ผู้อยู่ในพระอารามนี้มาตั้งแต่ครั้งเป็นสามเณร) ซึ่งในขณะนั้นยังเป็นพระเปรียญอยู่ ได้เป็นผู้ปกครองพระอารามนี้สืบต่อมา ตั้งแต่ พ.ศ.๒๔๗๖ ส่วนในด้านการก่อสร้างปฏิสังขรณ์ได้จัดการสร้างสะพานท่าน้ำ ๑ สะพานยาว ๖๖.๐๐ เมตร กว้าง ๒.๕๐ เมตร เสา คานใช้คอนกรีตเสริมเหล็ก ตงพื้นใช้ไม้ สะพานโป๊ะท่าเรือ ๑ สะพาน ซ่อมและเปลี่ยนเสารอบนอกของพระระเบียงรอบพระอุโบสถรื้อนอกชานศาลาการเปรียญและกุฏิสร้างขึ้นใหม่ โดยใช้ทุนที่ได้จากผลประโยชน์ของวัดบ้าง ได้จากการกุศลบ้าง จากท่านผู้มีศรัทธาบริจาคบ้าง และมีผู้บริจาคสร้างกุฏิถวาย ๑ หลัง

ครั้นถึงคืนวันที่ ๕ มีนาคม พ.ศ.๒๔๘๘ พระอารามนี้และวัดน้อยทองอยู่ ได้ประสบภัยทางอากาศในสมัยสงคราม ถูกทั้งระเบิดเพลิงและระเบิดทำลายทรัพย์สินของพระอารามเสียหายเกือบหมด มีสิ่งที่ยังเหลืออยู่ คือ พระอุโบสถพร้อมทั้งพระระเบียง ศาลาคู่หน้าพระอุโบสถ กุฏิด้านเหนือพระอุโบสถ ๓ หลัง ครัว ๑ หลัง ซึ่งสร้างขึ้นในสมัยพระวิเชียรมุนีปกครอง หอระฆัง ๑ หอ เสาคอนกรีตสะพานท่าน้ำ แต่ไม่เรียบร้อยชำรุดบ้างเสียหายไปบ้าง ส่วนทรัพย์สินของวัดน้อยทองอยู่ เสียหายหมดทั้งวัด คงเหลือแต่กำแพงพระอุโบสถเท่านั้น ในระยะหลัง เมื่อสงครามสงบแล้ว พระประสิทธิวีริยคุณ ได้ยื่นหนังสือขอรวมวัดน้อยทองอยู่เข้ากับวัดดุสิดารามต่อทางการคณะสงฆ์ และได้รับอนุมัติจากทางการให้รวมได้ ดังหนังสือเจ้าคณะตำบลต่อไปนี้